Het Atlas College vindt het erg belangrijk dat leerlingen en personeel zich op school veilig voelen en dat ook daadwerkelijk zijn. Sociale controle en een goed contact tussen leerlingen en personeel en tussen leerlingen onderling zijn daarvoor minstens zo belangrijk als streng toezicht. Op alle locaties wordt dan ook veel aandacht aan sociale preventie besteed. Dit is onder meer mogelijk dankzij de kleinschalige organisatie van het onderwijs en de begeleiding.
Toch kunnen zich incidenten voordoen waarbij sprake is van verbaal of fysiek geweld. Als onderdeel van het kwaliteitszorgsysteem van het Atlas College wordt elk incident dat zich onverhoopt voordoet, nauwkeurig en systematisch geregistreerd. Op basis hiervan kan de school indien nodig gericht maatregelen nemen om het aantal incidenten tot een minimum te beperken. Deze registratie staat los van de maatregelen die de school direct neemt als zich een incident voordoet. Daarbij staat hulp aan het slachtoffer voorop. Zonodig volgen strafmaatregelen tegen de dader(s).
